در سال ۱۹۷۶، او دوباره به تشکیلات مخفی حزب کارگران کردستان (پ.ک.ک) در سازمان رزگاری شاخه ۱ پیوست. در سال ۱۹۸۰، او به صفوف پیشمرگه بازگشت و در سازمان شهید خضر محمود خدمت کرد.
در سال ۱۹۸۸، در جریان انفال و حملات شیمیایی بدنام در بادینان، او به همراه تعداد زیادی از پیشمرگان و مردم محلی به شمال کردستان نقل مکان کرد و سپس به اردوگاه پناهندگان موش نقل مکان کرد. در سال ۱۹۹۸، او به عنوان فرمانده تیپ ۱۸ ارتش چهاردهم منصوب شد. در سال ۲۰۰۰، او به عنوان فرمانده نیروی هفتم ارتش هجدهم منصوب شد.
در ۱۴ آگوست ۱۹۹۸، هنگام خنثی کردن مین در زمین فوتبال روستای بتکار در استان دهوک، چشم چپ و شنوایی خود را از دست داد. او در ۲۵ نبرد شرکت کرد و هفت بار زخمی شد.
در شهریور ۱۳۶۵، دو برادر، دو برادرزاده و یک پسر اسماعیل بتکاری توسط هواپیماهای جنگی عراق به شهادت رسیدند. برادر دیگرش، عزت، در آذر همان سال به شهادت رسید. پدرش، صادق بتکاری، پیشمرگه بود. انقلاب سپتامبر او در سال ۱۹۹۳ در اردوگاه پناهندگان موش مسموم شد.
اسماعیل بتکاری به دلیل معلولیت با درجه ستوان بازنشسته شد و اکنون در دهوک زندگی میکند. سیزدهمین کنگره حزب دموکرات کردستان توسط رئیس جمهور مسعود بارزانی به او مدال بارزانی اهدا شد.
