في عام 1976، انضم مجدداً إلى المنظمات السرية لحزب العمال الكردستاني (PKK) في منظمة رزغاري الفرع 1. وفي عام 1980، عاد إلى صفوف البيشمركة وخدم في منظمة الشهيد خضر محمود.
في عام 1988، خلال عمليات الأنفال سيئة السمعة والهجمات الكيميائية في بادينان، انتقل إلى شمال كردستان مع عدد كبير من قوات البيشمركة وسكان محليين، ثم انتقل إلى مخيم موش للاجئين. في عام 1998، عُيّن قائداً للواء 18 التابع للجيش 14. وفي عام 2000، عُيّن قائداً للقوة 7 التابعة للجيش 18.
في 14 أغسطس/آب 1998، وأثناء إزالة لغم في ملعب كرة القدم بقرية بتكار في محافظة دهوك، فقد عينه اليسرى وسمعه. شارك في 25 معركة وأصيب سبع مرات.
في سبتمبر/أيلول 1986، استشهد شقيقان وابنا أخ وابن إسماعيل بتكاري بنيران الطائرات الحربية العراقية. واستشهد شقيق آخر، عزت، في ديسمبر/كانون الأول من العام نفسه. وكان والده، صادق بتكاري، من قوات البيشمركة. ثورة سبتمبر تعرض للتسمم عام 1993 في مخيم موش للاجئين.
تقاعد إسماعيل بتكاري برتبة ملازم بسبب إعاقته، ويعيش الآن في دهوك. المؤتمر الثالث عشر للحزب الديمقراطي الكردستاني من قبل الرئيس مسعود بارزاني حصل على ميدالية بارزاني.
