پیکر رهبر مصطفی بارزانی و ادریس بارزانی در ٦ اکتبر سال ١٩٩٣ از ایران به کردستان جنوبی بازگردانده شد. در مه ١٩٩٤ جنگ داخلی بین حزب دموکرات کردستان و اتحادیه میهنی کردستان شعله‌ور شد که چهار سال به طول انجامید. این جنگ منجر به تقسیم اقلیم کردستان به دو بخش شد، اما در ١٧ سپتامبر ١٩٩٨ پس از توافق واشنگتن پایان یافت. در این دوره، دولت اقلیم کردستان توسط پارتی و دیگر احزاب سیاسی در اربیل در کردستان جنوبی تشکیل شد و در همان دوره تعداد زیادی از پناهندگان از ایران به کردستان جنوبی بازگشتند.
شش سال پس از کنگره یازدهم، کمیته مرکزی حزب دموکرات کردستان در جلسه خود در ١٣ مارس ١٩٩٩ تصمیم به برگزاری کنگره دوازدهم حزب گرفت، و در جلسه دیگری از کمیته مرکزی به تاریخ ١٤ آوریل ١٩٩٩، به دفتر سیاسی پارتی دستور تشکیل کمیته عالی تدارکات داده شد. دفتر سیاسی در جلسه خود در ماه مه ١٩٩٩ این کمیته را تشکیل داد که شامل: فلک‌الدین کاکه‌یی - رئیس کمیته، دکتر محمد صالح جمعه - نایب رئیس کمیته، شیخه‌الله ابراهیم، تمر رمضان، نجم‌الدین یوسفی و استاد حسن بود.
پس از تشکیل، کمیته تدارکات کنگره روند انتخاب نمایندگان کنگره را انجام داد که به مدت ٤١ روز از ٤ ژوئن ١٩٩٩ تا ١٥ ژوئیه ١٩٩٩ ادامه داشت، ١٨٠ هزار نفر از رای‌دهندگان پارتی در روند رای‌گیری در ٨٦ حوزه انتخاباتی و ٢٢٦ مرکز شرکت کردند و نمایندگان کنگره را انتخاب نمودند.
برگزاری کنگرهبرگزار شد دوازدهمین کنگره حزب دموکرات کردستان روز چهارشنبه ٦ اکتبر ١٩٩٩ در (هولی زه رد) تالار زرد در اربیل با شعار (صلح، آزادی، دموکراسی) و با حضور ١٤٧٣ نماینده ٨٪ که تعدادی از آن‌ها زن بودند، برگزار شد. در این کنگره برای چهارمین بار و با اجماع نمایندگان، مسعود بارزانی به عنوان رئیس حزب دموکرات کردستان انتخاب مجدد شد و بنا بر پیشنهاد رئیس بارزانی، علی عبدالله به عنوان نایب رئیس انتخاب گردید. همچنین نام حزب بار دیگر، همانند کنگره دهم، از (حزب دموکرات کردستان - متحد) به (حزب دموکرات کردستان) تغییر یافت و تصمیمات متعددی در آن اتخاذ شد که مهم‌ترین آن‌ها ایجاد تغییرات در نهادهای حزبی و نظامی بود، به‌طوری که تعداد اعضای کمیته مرکزی از ٣٧ عضو به ٣١ عضو اصلی و نه عضو علی‌البدل کاهش یافت، همچنین دفتر سیاسی با (٩) عضو و با رأی‌گیری مخفی انتخاب شد.
ساختار حزب دموکرات کردستان بر اساس آیین‌نامه داخلی کنگره دوازدهم به شرح زیر شکل گرفت: سلول، سلول اصلی، کمیته سازمانی، کمیته محلی، کمیته شعبه، کمیته مرکزی، دفتر سیاسی، دبیر دفتر سیاسی، نایب‌رئیس و رئیس. همچنین هیئت مرکزی بازرسی و نظارت توسط کمیته مرکزی تعیین می‌شد و توسط یکی از اعضای دفتر سیاسی نظارت می‌شد.
اعضای کمیته مرکزی:
٣- فاضل میرانی
٤- دکتر روز نوری شاویس
٧- آزاد برواری
٩- الزعیم علی
١٠- شوکت شیخ یزدین
١١- محمد ملا قادر
١٢- دکتر کمال کرکوکی
١٣- دکتر جرجیس حسن
١٤- کریم سنجاری
١٥- نوری علی محمد رحمن ملقب به نوری حمه علی
١٦- عارف طیفور
١٧- سعد عبدالله
١٨- فرانسو حریری
١٩- فریدون محمد عبدالرحمن ملقب به فریدون جوانرودی
٢٠- صلاح دلو
٢١- رمزی شعبان
٢٢- عمر بوتانی
٢٣- شیرین آمیدی
٢٤- جمال عثمان کارسول ملقب به جمال مورتکه
٢٥- سرباز نادر علی ملقب به سرباز هورامی
٢٦- عمر عثمان میرکسوری
٢٧- بروسک نوری شاويس
٢٨- سفين محسن حمد امين ملقب به سفين دزیی
٢٩- قادر قادر علی
٣٠- عزالدین برواری
٣١- یونس روزبیانی
اعضای علی‌البدل کمیته مرکزی:
٢- محمود محمد
٣- مسعود ساله‌یی
٥- جعفر ابراهیم حاجی ملقب به جعفر ایمینکی
٦- عبدالله آکرین
٧- دیاری حسین
٨- قادر جباری
٩- دکتر حسن محمد سوره
در آخرین روز کنگره، برای سومین بار در تاریخ حزب دموکرات کردستان، توسط پرزیدنت مسعود بارزانی به سی و هفت تن از رهبران و همراهان بارزانی، نشان بارزانی جاویدان اعطا شد.
در نخستین نشست کمیته مرکزی، هیئت دفتر سیاسی انتخاب شدند که عبارتند از:
١- نیچروان بارزانی
٥- فاضل میرانی
٧- آزاد برواری
٨- دکتر روز نوری شاویس
٩- رهبر علی
منابع:* تاریخ حزب دموکرات کردستان کنگره و کنفرانس (برنامه و اساسنامه)، هیئت دانشنامه حزب دموکرات کردستان، جلد دوم، (اربیل - چاپخانه روکسانا – ٢٠٢١).
* محمد ملا قادر، سجل مبارزه، تاریخ کوتاه پارتی و بارزانی جاویدان، چاپ سوم، (اربیل، چاپخانه آراس، ٢٠١٢).
* دیروز پایان انتخابات محلی کنگره (١٢)، روزنامه خه‌بات، ارگان حزب دمکرات کردستان، شماره ٩٣٢، اربیل، جمعه، ٩ ژوئیه ١٩٩٩ م.
* آرزوی موفقیت برای دوازدهمین کنگره حزب دمکرات کردستان، روزنامه برایه‌تی، روزنامه حزب دمکرات کردستان، شماره ٢٩٣٩، اربیل، چهارشنبه ٦ اکتبر ١٩٩٩ م.
* آقای مسعود بارزانی به اتفاق آرا به عنوان رئیس حزب دمکرات کردستان انتخاب شد، روزنامه برایه‌تی، ارگان حزب دمکرات کردستان، شماره ٢٩٤٧، اربیل، پنجشنبه ١٤ اکتبر ١٩٩٩ م.
* انتخاب مجدد برادر مسعود بارزانی به عنوان رئیس حزب و برادر علی عبدالله به عنوان نایب رئیس، روزنامه خبات، ارگان رسمی حزب دموکرات کردستان، شماره ٩٤٦، اربیل، جمعه، ١٥ اکتبر ١٩٩٩ م.
* شعبان علی شعبان، برخی اطلاعات سیاسی و تاریخی، چاپ سوم، (اربیل- چاپخانه روژهه لات – ٢٠١٣ م).
* اساسنامه و مرامنامه حزب دموکرات کردستان در دوازدهمین کنگره پارتی که در تاریخ ٦-١٤ / ١٠/١٩٩٩ برگزار شد، به تصویب رسید (اربیل- چاپخانه روژهه لات).
* انتخاب یک کمیته مرکزی جدید متشکل از ٣١ عضو اصلی و ٩ عضو علی‌البدل، روزنامه خبات، ارگان رسمی حزب دموکرات کردستان، شماره ٩٤٦، اربیل، جمعه ١٥ اکتبر ١٩٩٩ م
* انتخاب شد دوازدهمین کنگره حزب دموکرات کردستان کمیته مرکزی جدید، روزنامه برایتی، ارگان رسمی حزب دموکرات کردستان شماره ٢٩٤٨، اربیل، یکشنبه، ١٧ اکتبر ١٩٩٩م.
* در دوازدهمین کنگره پارتی، روزنامه ئیواره گولان، مؤسسه فرهنگ و رسانه گولان، شماره ٤٨٧، اربیل، شنبه ١٦ اکتبر ١٩٩٩م، صفحه ١، انتخاب کمیته مرکزی جدید متشکل از ٣١ عضو و ٩ عضو علی‌البدل، منبع پیشین.
* توزیع مدال‌های بارزانی، روزنامه خه‌بات، ارگان رسمی حزب دموکرات کردستان، شماره ٩٤٦، اربیل، جمعه، ١٥ اکتبر ١٩٩٩ م.