پس از دومین کنگره اتحادیه دانشجویان کردستان در اوت سال ١٩٦٤، تشکیلات این سازمان در مراکز آموزشی در شهرهای مختلف کردستان و عراق فعالیت خود را با جدیت از سر گرفتند تا امور خود را به شکل بهتری سازماندهی کنند. دبیرخانه دانشجویی تصمیم گرفت یک نشست گسترده در طول تعطیلات نیم‌سال تحصیلی ١٩٦٤- ١٩٦٥ برگزار کند.
در فوریه ١٩٦٥، نشستی در منطقه قره‌داغ در جنوب استان سلیمانیه با حضور نمایندگان تمامی شاخه‌های تشکیلات در شهرهای مختلف کردستان و عراق، به‌ویژه منطقه بادینان، برگزار شد. در این نشست که حدود ٤٠ عضو در آن حضور داشتند، علی سنجاری از سوی دفتر مرکزی حزب برای نظارت بر نشست اعزام شد.
این نشست یک روز ادامه داشت و از مهم‌ترین تصمیمات آن، تاکید مجدد بر حمایت از انقلاب و ابقای همین دبیرخانه یا کمیته تدارکاتی منتخب در کنگره دوم تا زمان برگزاری کنگره بعدی بود..
در مقابل، گروهی که از حزب و سازمان جدا شده و به گروه دفتر سیاسی پیوسته بودند، بیانیه‌ای علیه این نشست صادر کردند که وضعیت داخلی سازمان را پیچیده‌تر کرد.
مدت کوتاهی پس از این نشست، انشعابات و درگیری‌هایی میان رهبری اتحادیه دانشجویان کردستان رخ داد و در نتیجه آن، تعدادی از اعضا از سازمان جدا شدند و شماری از اعضای رهبری به روش‌های مختلف از رهبری فاصله گرفتند. از میان آنان بکر حسین، عضو دبیرخانه، بود که به گروه منشعب از دفتر سیاسی پیوست و به همین دلیل از صفوف اتحادیه دانشجویان اخراج شد و عبدالکریم فندی به نیروهای پیشمرگه وابسته به انقلاب ایلول پیوست، در حالی که جلال حمه علی صفوف اتحادیه دانشجویان کردستان را ترک کرد.
با توجه به شرایطی که اتحادیه دانشجویان کردستان پشت سر می‌گذاشت و به منظور حل مشکلات انباشته، دبیرخانه سازمان تصمیم گرفت یک کنفرانس فوری برای آغاز تدارکات کنگره پنجم در اسرع وقت برگزار کند. این کنگره در ٢٩ ژوئن ١٩٦٦ در ناوبردان در منطقه بالکایتی برگزار شد و تصمیمات متعددی اتخاذ شد که مهم‌ترین آن‌ها تشکیل کمیته تدارکاتی برای کنگره پنجم بود که قرار بود در تابستان سال ١٩٦٧ برگزار شود، همچنین ادامه حمایت از انقلاب و دفاع از مطالبات صنفی و آکادمیک دانشجویان کرد.
برگزاری کنگرههمانطور که در کنفرانس ناوبردان مقرر شده بود و به دلیل وضعیت پیچیده سازمان و پس از تکمیل تدارکات، این کنگره در بازه زمانی ١٣ تا ١٥ ژوئیه ١٩٦٧ با شعار (ای توده‌های دانشجو، برای حقوق دانشجویان و ایجاد عراق دموکراتیک و خودمختاری کردستان مبارزه کنید) و با حضور هفتاد نماینده از شاخه‌ها و کمیته‌های محلی سازمان در دانشکده‌های بغداد، موصل و موسسات و مدارس متوسطه و ثانویه در مناطق مختلف کردستان، در منطقه (شوان) از توابع استان کرکوک، با حضور احمد جرجیس اتروشی نماینده رهبر مصطفی بارزانی.
پیش‌نویس برنامه و نظام‌نامه داخلی سازمان توسط اعضای کنگره تصویب شد، عبدالکریم حسن به عنوان رئیس و نوزاد علی محمد به عنوان دبیر انتخاب شدند و دبیرخانه جدید با رای نمایندگان کنگره به شرح زیر انتخاب شد:
١- انور عبدالله، عضو دبیرخانه
٢- قادر حمد امین، عضو دبیرخانه
٣- جواد محمد شیروانی، عضو دبیرخانه
٤- حمه‌زیاد اسماعیل، عضو دبیرخانه
از مهم‌ترین تصمیمات کنگره:
تقویت روابط با سازمان‌های دانشجویی ترکیه و سوریه. افتتاح دانشگاه در کردستان. اخراج عبدالوهاب طالبانی و فارس جوکل حویز از تشکیلات به دلیل ارتباط با دولت مرکزی. پذیرش دانشجویان کرد در دانشکده‌ها و دانشگاه‌های عراق بر اساس توزیع منطقه‌ای. آموزش به زبان کردی در تمامی مقاطع تحصیلی در سراسر کردستان، به‌ویژه در استان موصل. پذیرش دانشجویان کرد در دانشکده‌های نظامی، پلیس و هوانوردی. تعیین تکلیف دانشجویانی که به انقلاب پیوسته‌اند. حضور نماینده تشکیلات در شورای فرماندهی انقلاب و بسیاری تصمیمات دیگر. در نوامبر ١٩٦٧، رهبری جدید مجله "خه‌باتی قوتابیان - نضال الطلبة" را به عنوان ارگان رسمی اتحادیه دانشجویان منتشر کرد، اما کادر کاری آن تنها برای مدت کوتاهی فعالیت کرد. چهار ماه بعد، عبدالکریم حسن استعفای خود را از سمت ریاست به دبیرخانه تقدیم کرد، همچنین نوزاد محمد علی به صفوف نیروهای پیشمرگه پیوست و انور عبدالله به جای او به عنوان رئیس اتحادیه دانشجویان کردستان و عبدالقادر حمدامین به عنوان دبیر اتحادیه دانشجویان کردستان منصوب شدند.
خیلی زود مشکلاتی بین رهبری جدید بروز کرد، زیرا کادرهای مقیم بغداد از اینکه سهم‌شان در کنگره پنجم کم بوده است، شکایت داشتند؛ بنابراین کمیته‌ای برای نظارت بر تشکیلات بغداد تحت عنوان "کمیته اصلی تشکیلات بغداد" تشکیل دادند. پس از آنکه این کمیته کار خود را آغاز کرد، هیئت جدیدی برای رهبری دبیرخانه به شرح زیر انتخاب شد:
١- فرهاد عونی حبیب، مسئول کمیته
٢- جلال خوشناو، عضو کمیته
٣- رنج نوری شا‌ویس، عضو کمیته
٤- جواد محمد شیروانی، عضو کمیته
٥- عادل فاضل لیلانی، عضو کمیته
٦- فریدون عثمان، عضو کمیته
در سال ١٩٦٨، کمیته اصلی تشکیلات بغداد به دلیل ضعف دبیرخانه، اقدام به تماس با شاخه‌های کرکوک، سلیمانیه و موصل برای نظارت بر کار آن‌ها کرد و در همان سال، جشن نوروز را به‌طور علنی در دانشکده مدیریت و اقتصاد دانشگاه بغداد برگزار کردند که حدود ٢٠٠ دانشجوی کرد و عرب در آن حضور یافتند.
به دلیل دوری از یکدیگر، هماهنگی چندانی بین دبیرخانه اتحادیه دانشجویان کردستان و کمیته اصلی تشکیلات در بغداد وجود نداشت و عملاً سازمان بغداد اختیارات بیشتری بر عملکرد سازمان داشت؛ لذا در ژوئیه ١٩٦٨، شاخه اربیل و دبیرخانه کنگره پنجم با رهبر مصطفی بارزانی در روستای حاج عمران از توابع استان اربیل دیدار کردند، چرا که شاخه اربیل دیگر قادر به هماهنگی با دبیرخانه نبود.
این مشکل و فقدان هماهنگی تا پاییز سال ١٩٦٩ ادامه داشت تا اینکه هیئتی از دفتر سیاسی حزب دموکرات کردستان در بغداد از کمیته اصلی تشکیلات بغداد استقبال کرد و تصمیم گرفتند نشست مشترکی بین طرفین در روستای ناوبردان، محل استقرار دفتر سیاسی حزب دموکرات کردستان، برگزار کنند.
آن‌ها در ٦ فوریه ١٩٧٠ در غیاب رئیس اتحادیه دانشجویان کردستان تشکیل جلسه دادند و در نتیجه آن، "دفتر تشکیلات مرکزی" از سوی هر دو طرف به شرح زیر تشکیل شد:
١- فرهاد عونی، مسئول دفتر مرکزی
٢- انور عبدالله، عضو دفتر مرکزی
٣- جلال سلیم خوشناو، عضو دفتر مرکزی
٤- قادر حمد امین، عضو دفتر مرکزی
٥- رنج نوری شا‌ویس، عضو دفتر مرکزی
٦- عادل فاضل لیلانی، عضو دفتر مرکزی.
پس از ایجاد دفتر جدید تشکیلات مرکزی، وظایف به شرح زیر تقسیم شد:
- فرهاد عونی و جلال خوشناو- نظارت بر تشکیلات دانشگاه بغداد، مدارس استان بغداد، مدارس استان سلیمانیه و مدارس خانقین.
- جواد محمد شیروانی- مسئول تشکیلات استان بصره.
- قادر حمدامین- مسئول تشکیلات مدارس استان اربیل
- رنج نوری شا‌ویس و انور عبدالله - مسئول تشکیلات دانشگاه موصل و مدارس استان موصل.
- عادل فاضل لیلانی و فریدون عثمان- مسئول تشکیلات استان کرکوک
- و بغداد به عنوان مرکز قدرت تعیین شد.
منابع:١- عرفان عزیز عزیز، کنگره و کنفرانس‌های اتحادیه دانشجویان کردستان، چاپ اول، (اربیل-انتشارات روژهلات-٢٠١٢).
٢- ماجد حسن علی، جنبش دانشجویی کرد در عراق (١٩٢٦-١٩٧٠)، پایان‌نامه کارشناسی ارشد/دانشگاه صلاح‌الدین در اربیل ٢٠٠٨، انتشارات سپیریزه، (اربیل- چاپخانه حاجی هاشم).
٣- شازین هیرش، سازمان‌های دموکراتیک و صنفی در چندین سند تاریخی ١٩٥٨ - ١٩٦٨، چاپ دوم، (سلیمانیه - چاپخانه راز - ٢٠٠١م).
٤- ساسان عونی، اتحادیه دانشجویان کردستان، برخی از جنبه‌های مبارزه و تاریخ، (اربیل - چاپخانه وزارت آموزش - ١٩٩٨).
٥-کاکل محمد طاهر، صفحات نضالیة من الماضي القریب (صفحات مبارزاتی از گذشته نزدیک)، مجله گولان عربی، شماره ٢٧، اربیل، مطبعه الثقافه، ٢٥ اوت ١٩٩٨م، ص ٧٤.