در سال ١٩٧٨ بنا به توصیه ادریس بارزانی مخفیانه خود را به شهر کرج رساند و از آنجا به شهر ارومیه اعزام شد و سپس از طریق مرز بین شرق و شمال کردستان خود را به مقر منطقه یک (١) در منطقه کوماته در استان دهوک رساند. وی به همراه دسته ملازم علی به منطقه نهیلی رفت و تا سال ١٩٧٩ در آن منطقه بود. در همان سال برای شرکت در کنگره نهم حزب که در روستای دربند در منطقه مرگور در شرق کردستان برگزار شد، به اردوگاه زیوه در شرق کردستان بازگشت. پس از پایان کنگره، نامبرده به دفتر رئیس حزب منتقل و به منطقه آمیدی که محمد حسین عبدالعزیز احمد مسئول آن بود، اعزام شد.
در سال ١٩٨٨ در جریان عملیات بدنام انفال و بمباران شیمیایی منطقه بادینان، دو برادر محمد زکی به نام‌های علی حسن جادر و رشید حسن جادر و یکی از برادرزاده‌هایش به نام عبدالرحمن علی حسن انفال شدند، اما او خود را به کوهستان‌ها رساند و از آنجا خود را به بحرکه در استان اربیل رساند و در آنجا مخفیانه زندگی کرد. در سال ١٩٩١ در قیام مردم کردستان عراق شرکت کرد و به شدت مجروح شد. پس از بهبودی دوباره به نیروهای پیشمرگه پیوست. در سال ١٩٩٣ به لشکر دو ویژه منتقل شد و به دلیل جراحات وارده با درجه سرهنگ دوم بازنشسته شد.
محمد زکی در ده‌ها جنگ و حماسه شرکت کرد که از آن جمله می‌توان به حماسه‌های دیرلوک، خواکورک و کانی ماسی در منطقه بادینان در استان دهوک اشاره کرد. او در دوران پیشمرگایتی سه بار مجروح شد. در سال ٢٠١٠ در کنگره سیزدهم حزب دموکرات کردستان توسط رئیس مسعود بارزانی مدال بارزانی به وی اهدا شد.
منبع:١.آرشیو هیئت دائره‌المعارف حزب دموکرات کردستان.